R
Amazonに頼んであったのが届きました。 多少、How toぽいところもあるけれど、参考になりそうな本です。 #演習もあるし、教科書を想定して書かれた本？？ Diffrential Expressionの章を読んで、FDRについては、手順が間違いでなかったのが確認できました。 e…
引き続きFDRについて勉強中。で、サンプルサイズについて理解が行き詰っていて読んでいる論文> False discovery rate, sensitivity and sample size for microarray studies Introductionが、FDRについて概観するのに手軽でよかったです。 #この論文でいうサ…
PCが壊れたので入れなおしたRは、2.7.2でした。 以前の2.6系の時のインターフェースがらみの細かいbugが直っていてLucky？
光度曲線をRで描こうと思うと、y軸が反転(小さい数字が上)できないと困ります。 googleったり、helpを見たけれど、よくわかりませんでした。 ちなみに、反転軸は、英語でinvrted axisで良いらしいです？ (追記) Rwikiでみつけました。 plot(JD, mag, ylim=re…
メモ。 2つのグラフを並べて書くには、 split.screen(c(1, 2)) これで、縦2分割。横2分割は、split.screen(c(2, 1)) で、それぞれのスクリーンにグラフをプロットする。例えば、 screen(1);plot(x1, y1) screen(2);plot(x2, y2)
ベンチマークを取ったわけではないですが、for loopを廻すより、applyを使ったほうが実行速度が速い気がします。
また、忘れて、対数同士の比を取るときに、いったん真数に戻して比を取ってから、対数に戻していました。 対数同士の差を取ればよかったんじゃん。 高校レベルの算数です。 毎日やってるだろう、変光星の等級の計算orz
大抵の教科書やwebに置かれている資料は、Bioconductorに例として同梱されているデータ（例えば、ALL）を使って解説をしているものが多いです。 しかも、スキャンの生データの補正を行うところから解説されているのがほとんどです。 という訳で、扱っている…
Rでマイクロアレイデータ解析を参考に、いくつか、packageを足しました。 write.tableで、先頭に行番号をつけないのは、row.name=F matrixを足し合わせるのは、ｃbind #逆に、matrixから必要な行を取り出してサブセットを作るのを昨日から悩んでいるんですが…
共同研究者と相談で、FDRを考慮した解析をしようと言うことになって、また、猛勉強中です。 やっと、Bioconductorらしくなってきました。 という、Introduction to the R languageand BioconductorというPDFファイルを見つけて、それをみて、勉強中です。 授…
メモ。 Library()で呼び出したpackageのhelpは、 library(help=pckage名) microarryのデータ、遺伝子毎にt検定も良いけれど、せっかく、沢山の遺伝子を同時に解析しているのだし、正規分布であることを要求するt検定よりノンパラメトリック( それと、共同研…
Rのバッチモードを覚えました。 #実行が遅い気がするのは気のせい？ #最初、よくわからないエラーメッセージに悩まされましたが、単にR本体のある場所にpathが通っていないだけでした。 これで、microarryデータの一括処理への野望へ、今一歩、近づきました…
terminalから以下の様にして公開鍵を取得 gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-key E2A11821 gpg -a --export E2A11821 | sudo apt-key add - synapticで、リポジトリに deb http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/linux/ubuntu gutsy/ を足して、再読込をす…
microarryのデータの解析、Rにもだいぶ慣れてきましたが、まだ、データフレームの型(ベクトル型とか、スカラー型とか)みたいなものを、ものにできていないので、手探りです。 計算で、思ったとおりの結果が得られないと、ひーひー言って、チェックしています…
しどろもどろな天体観測Ngaさんの演習のR版 δ Cepのデジカメ画像をStellaImageで測ったデータ star.name, hip, SI Cep.alpha, 2.45, 1976.6867 Cep.xi, 4.26, 535.9346 Cep.iota, 3.50, 762.3091 Cep.omicron, 4.75, 317.9170 Cep.zeta, 3.39, 952.8631 Cep.…
買おうかどうか思案中。 とりあえず、著者のサイトの草稿を読んでから決めます。 実は，同じ著者の「Rによる統計解析の基礎」を研究室の居室の引っ越しの際に(?)、紛失して、この年末に買い直したばかりです。 #あとから、HDDを漁れば、こちらも草稿があった…
catを使って、ファイルに結果を書き出すのを憶えました。 cat(x, file = "ファイル名", append = T) これで、やりたいことの素地は揃った感じです。 で、パッチ実行にこだわらなくても、手順を書いたファイルを、source()呼び出せば、わたしの用事は済む感じ…
亀に謝れ！ という訳で、Rの勉強、少しずつ進んでいます。 で、メモ。 t検定の結果から、p-valueだけとりだす。 > result > result$p.value >quit() の際にworkspaceを保存できるのですが、defaultのc:\program files\R-2.6.1には、権限がないといってエラー…
メモ。Windows Vistaを、地域設定は日本、表示言語は英語という因果な設定で使っているせいか？Rのコンソールで文字化けをしていました。 これは、 Rを立ち上げる 編集＞GUIプリファレンスで、language for menu and messageにEnglishと入れてsave Rを立ち上…
Bioconductor(というかR）のパッケージ管理の方法は気に入りました。source("http://bioconductor.org/biocLite.R") で、インストールもとのURLを指定して biocLite("packgage名") で良いです。 Rのバージョンに合わせて、必要なBioConductorのバージョンの…
R用のmicroarray解析bioinformatics用パッケージ集です。 Excelや、Tiger MEVのようなGUIツールで、条件を変えて何度も、同じような操作をしている(たとえば、t検定で異なるp値で優位となる遺伝子のリストをつくる)と、目が回りそうな(+ケアレスミスもしやす…
