大抵の教科書やwebに置かれている資料は、Bioconductorに例として同梱されているデータ（例えば、ALL）を使って解説をしているものが多いです。
しかも、スキャンの生データの補正を行うところから解説されているのがほとんどです。
という訳で、扱っているデータの構造が、どういうものかが、初心者にはわかりずらいです。
とくに、matrixに対して操作を加えるのは、Rでは、結構、抽象化度が高い記述が出来るので、そういう操作で、どういう結果が出力されるのかイメージし難いです。
まぁ、演習をなぞってみて、その都度、自分で、中身を確認すれば良いだけですが、必要な箇所だけの拾い読みがしにくいです。
という訳で，AgilentのFeature Extractorが、吐き出した補正済みのデータが出発点なわたしにはなかなか難解です。
#まぁ、GeneSpringを買うお金がないだけすが。
#せめてもの救いは、Bioconductorが、Rで書かれていることですか？
#最終的には、ソースに当たればどうにかなりそうと思えます？
