メモ ggplot(phot, aes(x=JD, y=mag)) みたいにしてグラフを書こうとすると、no layerってerrorがでます。 ggplot(phot, aes(x=JD, y=mag)) + geom_point() の様に、散布図であることを明示的に示す必要がありました。 そもそも、plotだから散布図だろうと思…

10/29に撮ったRZ Casです。 みんなで見よう！おすすめ変光星 2014の対象星です。 先日のアルゴル撮影の経験から、ボカさなきゃいかんと思ったのですが、暗いからということで、そのままにしたら、案の定、うねりました。 まぁ、極小時刻は決められました。 …

メモ 基準日を他にしたほうがきれいそう？ > jd > as.Date(jd-2456901.125, origin="2014-09-01") [1] "2014-12-08"

Amazonから、発送したよメールが来ました。 わたしのトランスクリプトーム解析の心の師匠の著書です。 詳しくは、読んでから。トランスクリプトーム解析 (シリーズ Useful R 7)作者: 門田幸二,金明哲出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2014/04/09メディア: …

Rで、時系列データを扱うときは、POSIX形式の時間データとして扱わないといけないので、ほかの処理系に比べて、少し、癖があります。 で、V4368 Sgrの光度曲線を描きました。 本当は、横軸をJDにすれば、こんなに、苦労しないのですが、必要にかられて、日付…

Windowsで、試してみました。 #Ubuntu 11.10では、Oracle(Sun) Java6がサポート外になったのですが、動くの？ で、仕事がらみのを書けばいいのに、例の変光星の周期解析です。 設定からdbvs2000が動いるフォルダーを指定して、starのところの星名を適当に書…

昨日の研究会で紹介されていました。 R AnalyticFlow ef-prime社が開発され、BSDライセンスで配布されれている、フローチャート風に記述できるGUIツールです。 なかなか、使い勝手がよさそうです。

今日は、横浜の理研で、研究会です。 すごい盛況です。 で、圧倒的に若い(w

Rでつなぐ次世代オミックス情報統合解析研究会 2/22 理研横浜 参加費無料

VSOLJのデータからAB Aurの光度曲線を描いてみたのですが、ばらつきもあってよくわかりませんでした。 そこで、10日毎くらいの平均光度曲線を描いてみようと思ったのですが、googleっても、離散的で欠測値も多いデータの期間を区切っての平均の求め方はよく…

昼間、Mayhillで、SZ Pscを撮りました。 AVEで、まばらすぎて(?)極小時刻が決められなかったので、もう、2次関数fitでいいやと思って、Rで計算したのですが、やりかたがわからなくて苦労しました。 どうにか、計算できました。 もっと、簡潔に書けそうですが…

思い込みとは、恐ろしいものです。 今日まで、y軸を反転させるのに、revを使っていたのですが、ylim=c(10, 0)見たいに逆順に書くだけでよかった(w Fosterさんの本を読んでいて気づきました。 いや、以前、試して駄目だった記憶があるのだけれどなぁorz で、F…

Katさんが、htmlを自動生成してくれるプログラムを書いてくれたので、テストしました。 VSOLJの観測データを元にしたミラ型変光星の光度曲線集です。 https://meineko.com/pgm/mira_pgm_test.html なお、自動解析(探索範囲が固定)なので、おかしな結果のもの…

実際に使ってみました。 おー、きれいきれい。

仕事で使ったら、どっぷり浸かってしまったRです。 もちろん、得手不得手はあるのですが、アイデアが浮かんだらちょいちょいと書いてみて結果を確認するとか、取得したデータをざっと見て今後の解析の方針を考えるとか言うのに最適です。 もちろん、スクリプ…

よし、次は、Rでwavelet解析だと思ってgoogleっていたら、見つけました。 WAVELET ANALYSIS OF 173 SEMI-REGULAR VARIABLES Chinarova L.L.(2010) 昨年のオデッサでの会議の発表ですね。 AFOEVとVSOLJのデータを使っています。 (追記) 平均光度曲線を描いて…

上記のは、計算式が違ってました。 Mhhさんのアドヴァイスに従って修正しました。 #自乗して、マイナスで大きいのをプラスに変えるのか。データ読み込む部分は同じです。 >d 正しい、pergrmです。 pergrm <- function(d,start,end,div) { d$V2 <- d$V2 - mea…

Katさんが、もっと簡易な解析でよければ、Rだけでかけるよと、VSOLJ-MLに投稿されていたので、試してみました。まず、データを用意します。 vsolj databaseから、χ Cygのデータを落とします。 cygchi.stdを、DBVS2000を使って、日付の部分をJDに変えます。 D…

Iakさんもがんばっているし、KatさんがRで書かれたPDM法での周期解析を動かしてみましょうと重い腰を上げました。 まず、Windowsで挑戦、なにやら、よくわからないエラーばかり出ました。 #gnuwin32じゃ、駄目？ そこで、Ubuntuに変えて再挑戦です。 R CMD S…

こんなことまでRでやる必要はないのかも知れませんが、とにかく、Rで済まそうということで。 > source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("GeneR") > library(GeneR) > s > strComp(s) [1] "CCGGCCNNNNNNNGGCTT"

IakさんのAitoff projection on Rをみて、proj4 libraryのprojectが使えないかと思って、少しいじってみたのですが、よく判りません。 Aitoff座標はないけれど、Mollweide座標とかはあるみたいです。

メモ。 Excelかなにかで、整えて、csvファイルを作っておく。「/」や「:」は、「,」に置換しておく。 こんな感じ star,yy, mm, dd, hh, min, ss, mag AQLCW,2011,1,31,20,05,59,10.71 Rで、整形してstd形式にする。 band obs v csv("V.csv", header=T, sep="…

Mhhさんからの宿題のInst_mag-Ic_magとV-Icのグラフを描いてみました。 測ったのは、先日のM56の星野の画像です。 あれ？ y軸の値のばらつきが大きすぎるな?? なにか、間違った？？ (追記) print '#', id,(float(hip[testid]['Vmag']) - float(obj[id]['Mag'…

Mhhさんにいただいた、tyc2.idファイルに、B-Vが含まれているのを教えていただいたので、B-V≒V-Icと少し乱暴な決め打ちして、カタログを作ってみました。 $ wc -l tyc2.id 2430374 tyc2.id > tyc csv("tyc2.id", sep=" ", header=F) > summary(tyc) V1 V2 V3…

第2版が出たと共立出版からダイレクトメールが来ました。 また，今回の改訂では最近R界隈で流行りのggplot2を用いた可視化などが追加され，Rに関する新しい話題にも触れられています． (「Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版」の紹介、Wolf Ea…

Katさんが、BJDへの変換をRでやるのをRで実装されて、vaolj-mlにpostされました。 一部、実行速度の関係だと思いますが、cで書かれてコンパイルしたものを、呼び出しています。 Linux用(?)のbinaryも配布されたので、Linuxで実行する分には良いのでしょうが…

棒グラフにラベルを付けたい時は、barplotのパラメータで、names=c("name1", "name2",...) そのラベルを縦にしたい、las=2 あ、はみ出した!? 予め描画領域の余白をしてしておく、par(mar=c(10, 4, 1, 4))とか。 軸もどうにかしたいよね。 Rって、結果を手っ…

bplot2というのを使ってみたくて、gplot2というパッケージをinstallしたら、gtoolが見つからないと言われました。 gtoolをいれても、今度は、gdataがないと言われます。 パッケージインストーラで、「パッケージの依存関係を解決」というのに、チェックマー…

昨日のRグラフィックスという本を読んでます。 多重回帰(lm)の結果をplot()に渡すだけで、4枚も図を描いてくれます。凄すぎ。 結果を図示してくれているのはどうにかわかるとして、こんな関数もありますと名前と機能だけ紹介しているのは多すぎて、よく分か…

の概念を少しでもきちんと理解してようと、少し、投資。Rグラフィックス ―Rで思いどおりのグラフを作図するために―作者: Paul Murrell,久保拓弥出版社/メーカー: 共立出版発売日: 2009/10/22メディア: 単行本購入: 3人 クリック: 100回この商品を含むブログ …