meineko’s blog

元つくばの某独立行政法人勤務の植物屋です。最近は、ほぼ、突発天体の話題です。

Rで周期解析

Iakさんもがんばっているし、KatさんがRで書かれたPDM法での周期解析を動かしてみましょうと重い腰を上げました。


まず、Windowsで挑戦、なにやら、よくわからないエラーばかり出ました。
#gnuwin32じゃ、駄目?
そこで、Ubuntuに変えて再挑戦です。

R CMD SHLIB pdmr.c

cのソースをコンパイルするとエラーが出ます。
MLからソースをCopy&Pates関係で余計なものが入ったのが原因らしいので、geditで、エラーの出た行のスペースとtabを削って、tabに入れ換えました。
今度は、すんなり、compileで来ました。

source("pdminit.R")

で、PDM.Rを呼ぶところで、エラーがでます。

> source("pdminit.R")
以下にエラー source("PDM.R") : PDM.R:6:1: 予想外の 入力 です
5: {
6: ?
^

今日は、ここまで?


なお、気を良くして、OSX 10.7でも試したら、今度は、Rコンソールからやると、

> dyn.load("pdmr.so")
以下にエラー dyn.load("pdmr.so") :
共有ライブラリ '/Users/伏せ字/pdmr.so' を読み込めません:
dlopen(/Users/伏せ字/pdmr.so, 6): no suitable image found. Did find:
/Users/伏せ字/pdmr.so: mach-o, but wrong architecture

とエラーが出て読み込めないのですが、TerminalからRを立ち上げて同じことをすると、読み込みます。
#path関連のバグ??


(追記)
PDM.Rのバージョンが古かったです。
[vsolj 7299] Re: R (PDM example)のバージョンにしたら、すんなり通りました。
#あ、OSXで動かしてます。念のため。
#pdmr.cも、[vsolj 7299] Re: R (PDM example)のバージョンで再コンパイルしました。


さて、解析用のデータファイルを用意しないと。


(追記2)
[vsolj 7299] Re: R (PDM example)のバージョンのpdmr.cをUbuntuコンパイルすると、いくつか,警告が出ます。
コンパイルは通ったみたいだから、いいですが。