R
Rでのグラフの作図、だいぶいろいろ憶えて、それらしい図が書けるようにはなってきましたが、仕組みを理解しているわけでは無く、パラメータを弄っては結果を確認するというのの繰り返しなので、効率が悪い+まだ、及第点ではりません。 で、備忘録的メモ。 p…
メモ。fontの指定は、familyで、par()でも指定できるし、 dev.copy2eps(file="ファイル名.eps",family="フォント名") みたいに指定する。 先日、Rで作ったepsファイルをIllustratorで開こうとしたら、Heliveticaは使えないって怒られたのですが、Timesを指定…
最近は、うちらの分野では、論文投稿のグラフは、実寸でそのまま印刷可能なものを要求されます。 #むかしは印刷時にリサイズしてくれたのに。というか、トレスさえしてくれたのに>何時の時代？ で、論文の投稿規定のインストラクションをみていると、図の大…
昨日の続き、VSOLJ-MLで、Katさんに教えていただきました。 plot(log10,ylab=expression(log[10]*" photon mole"/m^2)) おぉ、できました。 で、log[10]の後ろにある*が肝でしょうか、なにこれ？ あぁ、expressionてのは、もともと数式を書くためのもので、*…
なかなか、強敵で、散々迷いました。 最終的には、竹中明夫のページのR でプログラミング：データの一括処理とグラフ描きのお世話になって解決。 なにをやりたかったかというと、グラフの軸のラベルに上付下付きを複数混在して書きたかったんです。 例えば、…
みたいなことを、Rでやろうとしました。 全データをalldataに読み込んでおいてから、先頭のalldata$GeneNameというのをラベルにして、 alldata[alldata$GeneName=="AK072482", ] みたにすると、お目当てのデータが抜き出せました。 気を良くして、遺伝子のli…
RSQLiteの例題をやってみました。 あれ？SQLiteなんて、installしたつもりがないので例題が動く、なにか、データも入ってるし？ RSQLiteのpackageにみんな入っているのか!? しかし、なにも例題に使うデータを、州別、犯罪の種類別の重犯罪者数のデータにしな…
先週の金曜日、上記、講習会に参加してきました。 で、教わった事のまとめ 前処理(正規化)の方法とその後の解析には、最適な組み合わせがある。 ただし、Affimetrixのチップの場合、他は、メーカーの方法を使うしかない。 Agilentで、2色法での解析は、チッ…
> a > b > a [,1] [,2] [,3] [1,] 1 4 7 [2,] 2 5 8 [3,] 3 6 9 > b [,1] [1,] 1 [2,] 2 [3,] 3 > dim(a) [1] 3 3 > dim(b) [1] 3 1 > a %*% b [,1] [1,] 30 [2,] 36 [3,] 42 行列のかけ算は、%*%で無いと駄目らしいです。 道理で、先日、赤道座標から銀河座…
この前から気になっている、GoogleとRの関係。 オレンジニュース経由で知った機械学習の勉強を始めるにはという記事に、 How Google and Facebook are using R というのが紹介されていました。 これから、読みます。 ない？ 冬学期の授業で、機会学習をかじ…
StatSci.orgに置いてあった離散的な時系列データの扱い方の教材です。 Time Series: Discrete Spectra Magnitudes of a Variable Star Voice Data from Singing the Vowel Pressure Difference between Easter Island and Darwin Magnitudes of Variable Sta…
測光バンドがRcの行だけを抽出 grep "Rc " foo.std foo.stdは、抽出元のstdファイル 測光バンドがVは、やっかいです？grep "V " foo.stdだと、星の名前がVULVとかの行も抽出されてしまいます。で、 grep "[0-9]V " foo.std 任意の数字の後に、Vと空白が続く…
stdファイルは、 ANDR 200909292100 10.5V Kis みたいに、光度のところが、等級と測光バンドと一緒になっています。 #例示したデータはデタラメ これを分けたいです。 Rでやろうとして、苦戦しています。 素直に、他のでやった方が良い？ #sedあたり？
Rで、グラフにエラーバーを加えるのは、少し、トリッキーです。 #柔軟性があるともいう？ arrows()を使って書き加えるというのが一般的みたいです。 [1:12]みたいに範囲指定できたので、割と楽でした。 > read.csv("test.txt", sep="\t") > jdmag csv("test.…
グラフを書くのを勉強中。 OSXのRコンソールからは、メニューからは、pdfでしか保存できないので、他の形式での保存は、dev.print()で書きました。 例えば dev.print(postscript, file="test.ps") postscriptのとことを、bmpにすればビットマップ、pngにすれ…
簡単な引き算をしようと思いました。 自宅のメインのPCには、Rを入れていませんでした。 とりあえず、2.9.2を落として入れました。
昨日と同じ、オレンジニュース経由。 googleにRのスタイルガイドがあった理由は、これ？How to Implement a Web Service in R しかし、Rを使うメリットがどこに？ 良く読んでみないと。
オレンジニュース経由で知りました。 Google's R Style Guide 一度読んで参考にしたいと思います。 でも、なんで、googleでRなんだろう？ (追記) 読みました。シンプルで、従い易いスタイルガイドですが、読んでいて、まだ、意味が解らないところがありますo…
昨日の問題は、日付を扱う関数は内部では、日の少数まで持っている模様 > d > as.double(d)/86400+2440588-0.5 #POSIXct型のままだと割り算で怒られる？86400=24*60*60 原点1970/1/1 [1] 2455048 > options(digits=11) #表示桁数を変えるおまじない > as.dou…
まどぎわ観望日記さんのところに、Rでの日付の扱い方について書かれていたので、ユリウス日を計算しようと思ったら、すでにありました。 J.day { tmp kd-32075+(1461*(iy+4800+tmp))%/%4+(367*(jm-2-tmp*12))%/%12-((3*((iy+4900+tmp)%/%100)))%/%4 } #日付…
セキュリティホールメモより、 海外で勢い増す新型インフルエンザ、米国ニューヨークで重症化例が急増中 (日経 BP, 6/16)。 現状の死亡率は 45 / 17855 * 100 = 0.25% なのですが、今後どうなるかということですか。 NY だけだと 13 / 1160 * 100 = 1.12% だ…
Rで、位相で整理して光度曲線を描く。 > jdm > p > epoch > jdm[,1] *1, xlab="phase", ylab="mag.") txtファイルの中身は、JDと光度。 食外、変動している？ *1:jdm[,1]-epoch)%%p)/p > plot(jdm, xlim=c(0,1), ylim=rev(c(9.5,10.5
matplot、憶えました。 matplot(JDmag[,1],JDmag[,2:6], pch="●○△□x", col=c("green","blue", "red", "black", "black"), ylim=rev(c(9,13)), xlab="JD", ylab="mag.", main="V4368 Sgr")
いままで、microarryデータからの遺伝子リストに基づくデータの抜き出しは、gawkでやっていました。 28000個の遺伝子のデータの抜き出しで数時間かかっていました。 授業で使ったperlのスクリプトを使ったら、1瞬でしたorz #それも、授業で使ったスクリプト…
光に対する反応とか、ストレス対する応答とか？処理の前と後を較べるのは、対応のあるt検定で無いと駄目じゃないのかと、一瞬、考えましたが、何個体か合わせてサンプリングしているし、処理前と処理後の個体は違う個体だし、対応無しと考えて良さそうです。…
授業で用意されていたファイルを眺めると、Perlのスクリプトがありました。 そういえば、授業でインストールしておくように指定されていたソフトにPerlもありました。 授業が始まってから、慌てて、指定されていたActive Perlをインストールしました。 遺伝…
メモ 授業で習ったことを応用して光度曲線の作図に挑戦しました。 何等以下というデータを赤の下向き逆三角で重ね描きしました。 par(new=T)が、重ね描きのおまじない。 > plot(n$JD, n$mag, xlim=c(2454900, 2454925), ylim=rev(c(8,12)), xlab="J.D.", yla…
せっかくなのだからと、今年は授業も受けてみることに。 #って、いっても他学部のですが。 #断っておきますが、理学研究科のじゃないよ(w 授業なんて何年ぶりだかわからないほどなので、1時間半の講義、寝ずに聞けるか心配だったのですが、Rを使った結構ハー…
今、全仮説が正しく、それぞれの仮説に得られるp値はランダムに出ているとすると、その値の分布は０から１にわたって、一様な分布をとる。棄却されるべき仮説が含まれている場合には、その分布は、０がちになるはずである。棄却されるべき仮説群は、小さいｐ…
Storeyのq-valueを手元のデータで計算してみたら、p-valueが1の時に、q-valueが0.6くらいになっている、あれ？ p-valueが小さいうちは、p-valueq-valueになっています。 で、q-value=ca.0.6で頭打ち。 raw2adjpより、若干、甘めです。
