先週の金曜日、上記、講習会に参加してきました。
で、教わった事のまとめ
- 前処理(正規化)の方法とその後の解析には、最適な組み合わせがある。
- ただし、Affimetrixのチップの場合、他は、メーカーの方法を使うしかない。
- Agilentで、2色法での解析は、チップ毎の正規化なので、解析方法での推奨はWAD法しかない？
- とりあえず、log変換
- 遺伝子ごとのクラスター化は行わない、実験条件間のクラスター解析で、反復実験が同じクラスターに含まれる前処理法を選ぶ
- 複数の前処理(RMA、ｑFARMS、DFW)をしてみて、実験条件でクラスター解析、適した前処理を選ぶ。
- 複数が良い結果であったなら、平行して解析を進め、論文に採用するのはそのうち1つにして、他の解析方法でも同様の結果であったことは本文中に示せばよい(data not shown)
- 多群間比較も、2群間比較に落とし込めばよい
Agilent使いの私には、選択肢がないという講習会でしたが、最後の、2群間比較に集約して考えるというのは、大変為になりました。
早速、そのアイデアで、再解析を始めました。
#予備検討の段階ですが、結果が、よさそう!?
補足：
遺伝子ごとのクラスター化をやろうとしても、現行のソフトで、チップ上の全遺伝子を対象に解析できるものはない。
なんらかの事前の絞り込みが必要。
絞り込むなら、他の方で解析をしても結果は同じとのことでした。なるほど。
補足2
WAD方は、発現量の多い遺伝子が上位に来るので、そのあとの、RT-PCRによる確認と相性が良い。
