meineko’s blog

元つくばの某独立行政法人勤務の植物屋です。最近は、ほぼ、突発天体の話題です。

Bioconductor

R用のmicroarray解析bioinformatics用パッケージ集です。
Excelや、Tiger MEVのようなGUIツールで、条件を変えて何度も、同じような操作をしている(たとえば、t検定で異なるp値で優位となる遺伝子のリストをつくる)と、目が回りそうな(+ケアレスミスもしやすい)ので、入れてみました。


で、installの参考にしたのは、Bioconductorノートです。


で、世の中、AffimetrixとArabidopsisで回っているので、AgilentとRiceでは、分が悪そう。
現在情報収集中です。


とりあえず、RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクスを読もう。
#ぱらぱらとやってが、だめだ、わたしに必要なのは、この本よりずっと低レベルの話だ。

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス