meineko’s blog

元つくばの某独立行政法人勤務の植物屋です。最近は、ほぼ、突発天体の話題です。

microarray解析の手順の自動化

Rのスクリプトと、GnuWin32の力を借りたバッチファイルで、共同研究者と協議して決めた遺伝子の選抜方法を、自動化する作業中です。
これで、microarrayデータの前処理が変わって、解析に用いる元データセットが変わっても、少ない手順で再解析ができます。


解析t順を具体的に文書化する作業に匹敵するので、あとから、作業に間違いが無かったかの確認も楽です。


でも、実は、作業途中でできる中間ファイルのファイル名をバッチファイルに中にハードコーディングしています。
これが、なかなか、ミスを生みやすく、四苦八苦しています。
ファイル名も動的に生成するようにすればいいのですが、これが、プログラミングの素養が無いので、つらいです。
とりあえず、プリンアウトして、目視で確認かな?


で、エディタは、秀丸です。
キーバンドを少し見直さないと効率が悪い気がしてきました。
たとえば、デフォルトでは、カーソルより前を削除が、割り当てられていないようです?