少し悩んだ後、OSX 10.5で試してみることに、なにしろ、RubyもRuby on Railsもプレインストール済みだそうなので。
terminalから、
rails software
って打ったら、本当に起動しました(w
とりあえず、MySQLが、古かったので，5.0をいれることに、pkgから入れたので，installは、らくちんだったのですが、readmeファイルには、/Library/StartupItems/MySQLCOM/が出来るって書いてあるのに、あいかわらず、/Library/StartupItems/MySQLのままです。
よくわからないまま、MySQL query browserから、
select version()
って打ったら、5.0.51aってでたので、大丈夫みたいです。
で、Ruby on Rails + Gruffを使って、11分で作る遺伝子発現データベースを参考に、公開データから、デモデータを作ります。
Rを立ち上げて、
library(affy)
って打ったら読み込まれたので、Bioconductorは、install済みだったようです。
で、データを落として、cel2table.rを呼び出したら、なにやら足りないパッケージがあったらしく、オンラインで落として入れてくれました。すげー。
さて、MySQLへのインポートの方法を憶えないと（核爆
#そこで、つまずくのかよ!
#データを落とす時に、wgetが無いと起こられました。あれ？
#手作業で落としましたが、後で，wgetの所在と、検索pathをチェックしておかないと。
(追記)
え、OSXって、デフォルトでは、wget無いの？wget.rbって、のは見つけましたが。
#なお、変光星のデータベースの件は、Gruffが散布図を描けないということがわかって、頓挫しました。
#あと、Xcodeがエラーで立ち上がりません。何故？
(追記)
単にXcode 3.0を入れてなかっただけでした。てへ。
