メタン

常温、常圧で無色、無臭の気体。人に対する毒性はない。

(wikipediaのメタンより)

だそうですが、同時に

メタンは強力な温室効果ガスでもあり

ですから、温泉から分離した後、大気中のそのまま放出ってのはまずいのではないでしょうか？
量としては、問題ないくらいの量なのでしょうが、牛のゲップよりは気になります。
ちなみに耕地や植物からの発生量に関する研究は、たとえばこちら