Agilentのイネのアレイなんてのを使ってると、Bioconductor用のデータファイルが整備されていないことがネックになります。
で、annotationパッケージのreadGEOAnnというファンクションで、GEOに登録されているアレイのannotationデータを引けることを知りました。
で、GEOをチェックしてみたら、22Kアレイ(G4138A)は、プラットフォームとして登録されているにはわかりましたが、44Kの方は、どれも研究者が自前でカスタムで作ったやつは登録されているのですが、私が使っているイネ オリゴDNAマイクロアレイ 4 x 44K RAP-DBは、登録されていません。
自前で登録しようと思うのですが、どうやるの？
#sample数0というエントリも多いので、とりあえず、プラットフォームだけ登録でもいいのですよね？
で、私が本来欲しいのは、GO(gene ontology)用のデータです。
これも作るしかないのかなぁ？
#そもそも、GeneSpringを使えばこんな苦労はないというのは、禁句です(w
