統合環境

マイクロアレイの解析で、バッチファイルの数(行数も各1000行くらい)が多くなって管理が大変になってきました。
特に、途中でRをバッチモードで呼んでいるところは、パッケージ化されて、見通しがよくなっているのですが、逆に、中身の確認が面倒です。
なにか、バッチファイルにも使える統合環境無いですか？？さすがに無理かな？